北京保研公益基金会的架构由理事会，监事会和一般机构组成。基金会设理事会，理事会设理事长、副理事长和秘书长，从理事中选举产生，理事长是基金会的法定代表人。
基金会设监事。监事任期与理事任期相同。理事、理事的近亲属和基金会财会人员不得兼任监事。监事依照章程规定的程序检查基金会财务和会计资料，监督理事会遵守法律和章程的情况。监事列席理事会会议，有权向理事会提出质询和建议，并应当向登记管理机关、业务主管单位以及税务、会计主管部门反映情况。
北京保研公益基金会组织架构图如下：
